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De l'eau, des Bactéries, des Minéraux et des Hommes

Fabrice David

Laboratoire de Recherches Associatives

Au cours de cet exposé, je présenterai tout d'abord des considérations sur l'origine des eaux thermales d'Enghien pour en tirer des hypothèses plus générales sur les rapports entre les microorganismes et les processus géologiques et biologiques de cristallisation. 

      I  De l'origine des sources thermales d'Enghien
     II CRISTAUX & ENERGIE
    III Des cristallisations pathogènes

       


 I . De l'origine des sources thermales d'Enghien
A 7 km au nord de Paris, se trouve la station thermale d'Enghien-les-Bains.
Ses eaux, les plus sulfurées de France, ont été redécouvertes au début du XIXème siècle par un ecclésiastique, le père Cotte. Celui-ci avait remarqué que de la digue retenant le lac d'Enghien sourdait une eau qui avait la propriété étrange de noircir les bijoux en argent ainsi que les oeufs de canard. L'eau empestait le soufre -en fait le sulfure d'hydrogène- et la toponymie locale avait noté le fait : le lieu-dit où le ruisseau issu de la source s'écoulait portait le nom évocateur de l' « enfer ». Il n'en fallait pas plus pour exciter la curiosité de notre brave père qui rédigea un petit mémoire scientifique sur les propriétés de ces eaux.Il s'aperçut que les paysans des environs appliquaient sur leurs blessures un emplâtre préparé à l'aide des filaments blanchâtres et gluants qui florissaient au griffon de la source. Les effets cicatrisants de cette pratique étaient réputés dans la région. Un établissement de soins s'établit sur les rives du lac, et sa renommée finit par parvenir aux oreilles du roi Louis XVIII. Celui-ci, souffrant d'un oedème des jambes et d'un ulcère du pied vînt s'y faire soigner et s'en trouva rapidement guéri. La station thermale d'Enghien était lancée.
D'où viennent ces eaux sulfurées ? La théorie officielle était que les eaux d'Enghien, les plus sulfurées de France, provenaient des couches profondes d'argiles plastique du sparnacien. Ces couches contiennent des morceaux de lignite, mais aussi des nodules de pyrite de fer -plus exactement de marcassite-, un sulfure de fer. Ce sulfure se serait hydrolysé en sulfure d'hydrogène, et les eaux chargées de gaz sulfhydrique seraient remontées vers la surface par des failles. L'auteur a enseigné la géologie au lycée d'Enghien pendant plusieurs années et a avancé une autre hypothèse : les eaux d'Enghien auraient une origine biologique de subsurface. En effet, la température des eaux est constante, mais relativement basse : 10.2°C.(1) Ceci exclut une origine profonde. De plus, les failles qui sont censées guider les eaux thermales depuis leur origine profonde devraient traverser deux couches de sables, les sables de Cuise (cuisien) et les sables de Beauchamp. Les eaux devraient donc s'y étendre et former une nappe, et non pas jaillir à un emplacement localisé, comme à Enghien. Ajoutons que lors du creusement des fondations d'un central téléphonique, le débit des eaux diminua de manière sensible, ce qui accrédite l'idée d'une nappe d'eau sulfurée circulant à une dizaine de mètres de profondeur.Les eaux d'Enghien sont probablement dues à la réduction des eaux séléniteuses (C'est-à-dire chargées en gypse, ou sulfure de calcium) Ces eaux descendent des collines de Sannois et de Montmorency, et les sulfates sont réduits en sulfure sous l'action de bactéries souterraines.
Evidemment, il faut un corps réducteur. Nous avons postulé la présence d'une ancienne tourbière ou d'une ancienne roselière enfouie dans le sol, laquelle aurait fournit une source de carbone indispensable à la réduction du sulfate.
SO4-- + 2C -------> S-- + CO2

Au griffon de la source, en milieu oxygéné, la réaction inverse est effectuée par d'autres bactéries qui oxydent les sulfures, d'abord en soufre, puis en acide sulfurique.
SH2+ O2 ---------> S + H2O

Ces bactéries forment des filaments et des biofilms que l'on appelle « barégines ». Elles secrètent des composés cicatrisants et antibiotiques, de même que les bactéries sulfatoréductrices. Inutile de préciser que ces composés, mal connus, ne font l'objet que de peu d'études. On essaie même de stériliser les eaux thermales par tous les moyens, ce qui est une hérésie.
Nous avions mis en garde les autorités, par voie de presse, contre le projet d'une autoroute semi-enterrée dénommé « Boulevard Inter Parisis » qui aurait largement barré la route aux eaux thermales. Lors de la percée du « B.I.P. » dans le quartier des « cressonnières », nous avons pu constater la présence d'un sol noir, chargé en matières organiques sur plusieurs mètres. La tourbière fossile attendue était bien là.
Dès lors que l'oxygène aura pénétré la couche contenant les bactéries anaérobies, ces précieux auxiliaires de la médecine s'éteindront à jamais. Facteur aggravant, l'autoroute a été construite sous la nappe et une station de pompage a été installée dans un radier souterrain (sinon le BIP deviendrait un canal) Les pompes vont y assécher localement la nappe. Bien sur, de nouveaux forages trouveront peut-être des « poches » d'eau fossile, mais ce n'est qu'un sursis. Un forage profond réalisé récemment jusqu'à -110 mètres n'a trouvé aucune eau sulfurée en profondeur.Dans les sédiments lacustres, on découvrira sans doute un jour, à la faveur d'une opération immobilière, les vestiges des thermes que les gallo-romains n'ont pas manqué de bâtir à cet endroit. Nous n'aurons pas eu leur sagesse.



  II. CRISTAUX & ENERGIE

J'ai pris l'exemple de la source d'Enghien, mais les bactéries sont omniprésentes dans les processus géologiques. Contre l'idée d'une biosphère limitée à une mince pellicule à la surface du sol, il faut prendre en compte la possibilité d'une vie enfouie plus profondément à l'intérieur de notre planète.
Prenons l'exemple des stalactites et des stalagmites rencontrées dans les grottes. Ces édifices géologiques sont censés avoir une origine purement minérale : chaque goutte d'eau laissant une pellicule de calcite.
Remarquons que les stalactites et les stalagmites répondent à la définition d'un stromatolite donnée par Semikhatov (2) : structure feuilletée minéralisée, attachée, s'accroissant à partir d'un point d'initiation de surface limitée.
Les stromatolites sont des édifices biologiques rencontrés dans certains milieux humides contemporains, de même que des couches géologiques antécambriennes et archéennes. Ils sont bâtis par des cellules procaryotes qui catalysent la formation de dépôts minéraux. En considérant le cas des stromatolites, on doit se poser la question : « quel est l'intérêt pour une cellule vivante de synthétiser de la roche ? »
Pour esquisser un élément de réponse à cette question importante, il faut revenir brièvement sur le processus de production d'énergie dans les cellules vivantes :
Dans les bactéries et les mitochondries, les différentes étapes des chaînes de dégradation oxydatives des corps organiques donnent naissance à un gradient d'eau protonnée (ion hydronium) de part et d'autre de la membrane de ces organites par l'intermédiaire de pompes à protons. C'est la théorie chemiosmotique de production d'ATP. Le gradient de protons va être ensuite utilisé par un complexe protéique membranaire, l'ATP synthétase pour produire de l'ATP à partir d'ADP. Il n'est pas exagéré de dire que l'ATP synthétase est une véritable « turbine à protons » puisque cet édifice macromoléculaire composé de multiples protéines comporte effectivement une partie rotative. Cet ATP sera ensuite utilisé partout où la cellule a besoin de réaliser une réaction endothermique.Dans les bactéries photosynthétiques et les chloroplastes, le gradient de protons est réalisé avec l'aide de l'énergie des photons, mais la synthèse d'ATP se fait par des mécanismes similaires. On parle d'autotrophie par photosynthèse.Dans les bactéries sulfo-oxydantes que nous venons de quitter à Enghien, le gradient de protons est lié à l'oxydation de l'élément soufre. On parle d'autotrophie par chimiosynthèse. C'est le système utilisé par les bactéries symbiotiques des animaux des abysses, comme le ver géant du genre « riftia ».
Nous devons considérer la possibilité d'un nouveau type de processus de génération d'énergie, à partir de la formation de cristaux. La cristallisation est un processus générateur d'énergie, dès lors que les composés qui cristallisent sont en concentration suffisante. La cristallisation peut être accélérée, ou catalysée par des composés biologiques, notamment des protéines. Ceux-ci agissent à faible concentration. Vous connaissez tous la technique des « cristallisations sensibles ». Son interprétation reste controversée, mais il ne fait aucun doute que la cristallisation d'un corps peut être profondément modifiée par des quantités infimes de catalyseurs qui ont toutes les propriétés d'enzymes que l'on pourrait appeler « cristallogénases ». Lorsque l'on parle d'enzymes, on pense le plus souvent à des enzymes catalysant des réactions complexes, mais une réaction aussi simple que la dissolution du CO2 est ainsi catalysée par une enzyme : l'anhydrase carbonique augmente ainsi la vitesse de dissolution du CO2 dans l'eau par un facteur 100 000.Imaginons une cellule bactérienne dans laquelle un catalyseur protéique favoriserait la formation d'un cristal de calcite : la concentration en ion calcium va donc baisser dans le cytoplasme et un gradient va s'établir au travers de la membrane. On peut imaginer que l'énergie de ce gradient puisse être utilisée pour former de l'ATP, soit directement, soit, plus probablement, par l'intermédiaire d'un système membranaire convertissant le gradient en ion calcium en gradient de protons. Imaginons des telles bactéries dans les eaux d'un lac : elles vont finir par sédimenter, entraînées vers le fond par le cristal de calcite. Ces cristaux vont s'accumuler sous forme de fins dépôts calcaires qui donneront ensuite de la roche. On peut imaginer un cycle ou les organismes se divisent avant d'atteindre le fond, les cellules filles remontant vers la surface, ayant stocké de l'énergie sous forme de lipides leur assurant une flottabilité positive, par exemple.
Je propose le vocable de « cristallosynthèse » pour cette forme de génération d'énergie.Des cellules pourraient ainsi croître sans disposer ni d'énergie lumineuse, ni de source de carbone organique. Evidemment, la quantité d'énergie obtenue est modeste, et il faut s'attendre à des organismes à croissance lente, à rythme de multiplication très modéré : en bref, des organismes très discrets.Une hypothèse ne valant que si elle est vérifiable par l'expérience, je propose d'enrichir le plancton lacustre ou marin en bactéries cristallosynthétiques à l'aide d'une centrifugation rapide en continu, suivie d'une deuxième centrifugation du culot sur gradient de chlorure de césium. Si des bactéries contenant des cristaux de calcite existent, on devrait les retrouver dans le culot, et les autres organismes du plancton devraient former des bandes au-dessus.
Et nos stalactites ? qui serait le responsable de leur croissance ? Il faut imaginer maintenant des organismes vivant dans l'obscurité des grottes, dans le film humide à la surface du calcaire. Contrairement aux bactéries postulées ci-dessus, on aurait des organismes plats, à la structure polarisée, glissant lentement sur la surface cristalline. Sur la face inférieure, la cristallisation serait catalysée par des facteurs protéiques. La concentration en calcium diminuerait dans le cytoplasme, et un système membranaire utiliserait l'énergie du gradient transmembranaire pour produire de l'énergie. De telles bactéries pourraient se trouver, outre à l'origine des stalagmites, à l'origine des oolithes du sable des plages tropicales, des nodules polymétalliques, des tufs et des travertins et de nombreuses autres minéralisations. (On peut aussi penser aux nodules de marcassites, ainsi qu'aux nodules de silex)Pourquoi ces organismes n'ont-ils pas été observés ? Dès lors que les microbiologistes cherchent des bactéries, ils pensent à des cocci bien ronds, des bacilles bien droits, des vibrions bien vibrionnants et des spirilles bien tire-bouchonnants, si possible dotés d'une paroi bien réfringente qui attirera le regard dans le champ du microscope. De plus, les organismes recherchés sont priés d'avoir le bon goût de pousser sur les milieux de culture standard. Des organismes plus petits et plus discrets peuvent passer longtemps inaperçus : pensons aux mycoplasmes, chers au Professeur Montagnier, ces bactéries sans paroi qui causent de nombreuses affections : ils sont rigoureusement invisibles au microscope optique. Pour ne rien arranger, ils passent leur temps accrochés à la membrane des cellules eucaryotes.Des procaryotes cristallosynthétiques pourraient être très petits, y compris au niveau du génome : n'oublions pas que toutes les enzymes de toute la chaîne de dégradation des molécules organiques y sont inutiles, puisque seule la dernière étape est conservée. Si l'on ajoute que des organismes à croissance lente peuvent puiser la quasi-totalité de leurs composants, comme les acides aminés, par un processus de diffusion passive à partir du milieu, on peut arriver à une bactérie réduite à sa plus simple expression, son génome étant réduit à quelques centaines de gènes.Il faut oublier le modèle d'une biosphère où les eucaryotes, les procaryotes et les virus seraient situés dans des échelles de taille fortement disjointes : nous savons qu'il existe des virus aussi grands que des bactéries (les mimivirus), qu'il existe des bactéries planctoniques aussi grandes que des diatomées. Dans ce cas, pourquoi ne pas imaginer des procaryotes, situés par leur taille aux limites de leur ordre ?
Là aussi, une hypothèse devant pouvoir être vérifiée par l'expérience, je propose l'expérience suivante : une carbonisation à température modérée d'un fragment de stalactite fraîchement prélevé suivie d'une dissolution totale par un acide faible et d'une sédimentation de la fraction insoluble devrait permettre de mettre en évidence des structures carbonées d'origine biologique.
Cette première étape effectuée, on pourrait rechercher d'éventuelles bactéries emprisonnées dans la calcite par hybridation sur tranches minces, à l'aide de sondes radioactives particulièrement conservées dans tous les types de bactéries (Gènes des ARN ribosomaux ou des ARN de transfert, par exemple)

 III. Des cristallisations pathogènes
Les processus de cristallisation ne concernent pas que le champ de la géologie, puisque des cristaux se forment dans plusieurs affections : on connaît notamment les calculs des reins et les calculs biliaires. Formés de composés minéraux variés (oxalates, acides biliaires, etc.), ils pourraient aussi être produits par une activité biologique. Là aussi, un procaryote de petite taille serait très difficile à mettre en évidence. De plus, un génome comportant quelques centaines de gènes serait facile à camoufler au sein du génome eucaryote, ce qui permettrait d'expliquer un certain nombre d'observations intrigantes qui ont été rassemblées sous le vocable de « pléomorphisme ». Le génome de bactéries réduites à leur plus simple expression pourrait s'intégrer dans le génome humain à la manière d'un provirus, éventuellement sous une forme dispersée parmi les chromosomes. Même sans considérer une hypothèse aussi audacieuse, il faut se rappeler qu'il a fallu beaucoup de temps pour accepter l'hypothèse de Robin Warren et Barry Marshall sur l'origine de l'ulcère de l'estomac. Pourtant, la bactérie responsable est une hélicobactérie d'une taille tout à fait classique et d'un métabolisme tout à fait orthodoxe, si l'on fait exception de sa capacité d'utiliser l'urée.A coté des calculs divers, bien soignés par la médecine, il existe des dépôts cristallins dans l'organisme qui sont beaucoup plus dangereux pour la santé publique, puisque les affections cardiovasculaires représentent la première cause de mortalité. Souvent dues à l'athérosclérose, qui est un dépôt de cholestérol dans les vaisseaux, il s'agit d'un véritable fléau. Bien entendu, on ne distingue pas de véritables cristaux, puisque le cholestérol cristallise sous forme de « cristaux liquides ». Ce composé donne même son nom à l'une des trois classes de cristaux liquides, aux cotés des cristaux nématiques et smectiques : les cristaux liquides cholestériques.
Pour finir, demandons-nous à quoi pourraient ressembler des bactéries utilisant l'énergie de cristallisation du cholestérol. Là encore, n'attendons pas des vibrions vibrionnants et des spirilles tirebouchonnants : imaginons plutôt des organismes discrets de forme aplatie, menant une vie silencieuse autant que nuisible au sein de la membrane basale du vaisseau, très difficiles à distinguer d'une plaquette sanguine en fin de vie.En raison du caractère insoluble du cholestérol, ces organismes hypothétiques devraient avoir une structure un peu plus complexe que ceux utilisant l'énergie d'un gradient d'ions en solution. En effet, le gradient de concentration du cholestérol ne peut s'exprimer qu'au sein d'une membrane. J'imagine un organisme traversé de crêtes ou de canaux membranaires évoquant un peu le réticulum des eucaryotes, et traversant la cellule de part en part. Le mouvement du cholestérol à travers les membranes alimenterait une pompe à protons fournissant une maigre énergie. Sur la face basale se formerait petit à petit un dépôt de cholestérol, éventuellement remanié ensuite par les cellules immunitaires de l'hôte. De tels organismes pathogènes, condamnés par la perte irréversible de la majeure partie de leur génome à subsister grâce à un métabolisme exotique seraient très difficiles à mettre en évidence. Ne nous étonnons pas qu'ils aient échappé à l'oeil attentif de générations de microscopistes : on ne peut trouver que ce que l'on cherche.

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